門診費用部分負擔 
依據全民健康保險法第三十三條第二項規定，改以定額方式收取。第一年自五月份起，門診費用部分負擔區分為門診及急診二項，其規定說明如下： 

門診 
保險對象萬一生病或受傷，前往特約醫療院所就醫時，除了掛號費外，每次需要自付部分負擔費用如下： 

前往特約診所或地區醫院就醫，部分負擔金額是50元；如果有需要到區域醫院就醫，部分負擔金額是140元；若至醫學中心就醫，部分負擔金額是210元。 

中醫和牙醫門診，不論醫療院所層級,部分負擔都是50元。 

領有殘障手冊的人，到任何特約醫療機構就醫,部分負擔都是50元。 

保險對象門診就醫如屬同一療程者，初次診療受理掛號時，健保IC卡應扣除就醫可用次數1次，繳交一次部分負擔，同療程第二次以後(含第二次)的治療，健保卡不須扣除就醫次數，除了復健及中醫傷科須繳交50元外不須再繳交部分負擔費用。 
 
急診 
萬一罹患的傷病需要緊急救治，可直接到附近有急診設備的醫療院就診，並按照附表一的規定，急診的部分負擔包括給藥、處置、檢查或檢驗等醫療服務在內在特約診所或地區醫院每次需自付150元，在區域醫院每次需自付300元，在醫學中心須自付450元。 
住院費用部分負擔 
住院費用是以病房種類及住院日數規定不同的部分負擔比率，即使用急性病房之部分負擔比率高於慢性病房。其目是希望民眾生病住院時，過了急性期，就應該回家療養或轉入慢性病房。 
部分負擔比率表 
病房別  部分負擔比率 
5%  10%  20%  30% 
急性病房  -  30日內  31∼60日  61日後 
慢性病房  30日內  31∼90日  91∼180日  181日以後 

自95年1月1日起，全民健康保險保險對象住院醫療費用自行負擔金額上限，調整如下： 
因同一疾病每次住院部分負擔上限：26,000元。 
每年住院部分負擔上限：43,000。前列住院部分負擔金額上限之適用範圍，以保險對象於急性病房住院30日以下或於慢性病房住院180日以下所應自行負擔之醫療費用為限。不包括全民健康保險法所規定不予給付之項目。